Samostatně stojící obytné stavby v zahradě, často reprezentativního charakteru.
První stavbou ve městě, která se svým charakterem blížila vilové architektuře, byl zahradní dům lékárníka Josefa Johanna Grossmanna z let 1805—1806. Nacházel se v zahradě přibližně v prostoru vymezeném ulicemi Dvořákovou, Mánesovou, Novohradskou a Průmyslovou, kde ve 2. polovině 19. století vyrostla tabáková továrna. Další stavbou na rozhraní mezi zahradním domem a vilou se stal objekt s oranžerií a terasou na Vltavském nábřeží č. 5 v areálu Lannovy loděnice. Objekt dal vybudovat ve švýcarském stylu A. Lanna v roce 1852. První stavbou ve městě hodnou označení vila byla Eggertova vila v ulici Na Sadech č. 27 z let 1859—1860. V 70. letech 19. století vyrostly v prostředí města ještě další dvě vily; v roce 1874 vila Tivoli v Mánesově ulici č. 1, jejímž stavebníkem byl budějovický obchodník, vlastenec a sběratel starožitností František Stulík (1818—1890), a 1878 sousední Fürstova vila v Mánesově ulici č. 3, jejímž majitelem byl schwarzenberský úředník František Fürst.
Na přelomu 19. a 20. století se výrazem podnikatelského či kariérního úspěchu a společenského vzestupu stalo budování předměstských vil. Byly často určeny jen k příležitostným, zpravidla letním pobytům a jejich stavebníci měli většinou sídelní vazbu na město. V Českých Budějovicích se díky rodině Zátků, která reprezentovala český živel ve městě, stala vyhledávaným místem Libníč. Kulturní a společenský význam zde měla vila A. Zátky v Libníči č.p. 48, realizovaná 1887 lišovským stavitelem Norbertem Bendíkem (1844—1913), doplněná 1888 krajinářským parkem. V roce 1895 byla postavena v Libníči na adrese Jelmo č.p. 12 vila Ferdinanda Zátky (1845—1901), zakladatele pražských pekáren a sodovkáren v Karlíně a Holešovicích, pojmenovaná po jeho manželce Gabriele. Vilu, jejíž podoba měla být inspirována tzv. Českou chalupou z pražské Jubilejní výstavy 1891, navrhl patrně Zátkův švagr Rudolf Tereba (1850—1904). Stala se oblíbeným místem setkání mnoha významných osobností uměleckého světa. O rok později, přímo na návsi v Libníči č.p. 61, vznikla vila Jana Bezdíčka (1829—1908), ředitele panství hraběte Kinského na Zlonicích, kterou využívala jako letní sídlo jeho rodina. Letním pobytům sloužily také vila inženýra a malíře Karla Čertíka (1850—1928) z roku 1906 v Libníči č.p. 52 a vila Kubrtových z roku 1907 v Libníči č.p. 53, kterou využívala rodina dcery A. Zátky Bohumily Kubrtové Zátkové (1883—1971).
K vyhledávaným lokalitám patřila také Dobrá Voda u Českých Budějovic. Po roce 1900 byla vybudována v ulici U Domova důchodců č. 33 vila F. X. Reitterera (1868—1932) a ještě před první světovou válkou v ulici Na Stráni č. 16 vznikla vila, u níž je k roku 1921 doložen jako majitel českobudějovický fotograf Antonín Wildt (1875—po 1939). Jižně od Českých Budějovic byla kolem 1900 vystavěna vila Fidelia Finka († 1912), k letním pobytům určený objekt českobudějovického podnikatele a majitele továrny na zemědělské stroje, v ulici Na Planýrce č. 206 v tehdy samostatné obci Poříčí, dnes součásti obce Boršov nad Vltavou. Z téže doby pochází vila c.k. rytmistra Ludvíka Hubatky (* 1857) též v ulici Na Planýrce č. 168, která tvoří se samostatnou hospodářskou budovou a parkem rozlehlý areál.
Na počátku 20. století vyrostlo přímo ve městě několik architektonicky hodnotných vil. Na prvním místě stojí vily spolumajitelů továrny L. & C. Hardtmuth – Lamezanova vila v ulici U Zimního stadionu č. 3 z roku 1900 a sousední Hardtmuthova vila v ulici U Zimního stadionu č. 1 z roku 1911. Z okruhu německy hovořících průmyslníků vzešla také výstavba Westenovy vily v Dukelské ulici č. 23 z roku 1912. Mezi stavebníky vil ve městě a jeho okolí patřily na počátku století také vysoce postavené osobnosti vojenské posádky, jak dokládá málo známá vila Isa v ulici Na Zlaté stoce č. 1, kterou pro c. k. hejtmana Georga Fischera (1862—1926) vybudoval v roce 1903 J. Hauptvogl.
První vily českých podnikatelů a majitelů realit v intravilánu města byly o poznání skromnější a výrazově orientované na českou architektonickou modernu. Herinkovu vilu na Lannově třídě č. 10 uvnitř bloku navrhl pro obchodníka s vínem Františka Herinka (1856—1911) asi architekt A. Hübschmann kolem roku 1910. V úrovni mezipatra byla propojena krytou chodbou s objektem někdejších skladů. Prostředí vily, spoluutvářené původně okolními zahradami, výrazně utrpělo okolní výstavbou výškových administrativních budov. Obdobný architektonický výraz měla také vila Karla Fabiana na Vrchlického nábřeží č. 10 z let 1912—1913 dobově označovaná jako vila Plantago. Po stránce architektonické, stejně jako po stránce stavebních technologií představuje mimořádnou stavbu Petrášova vila v Dukelské ulici č. 25 z let 1915—1916. Dvě posledně jmenované vily spolu s Westenovou vilou stály na počátku výstavby rodinných domů a vil v Havlíčkově kolonii a okolí.
V desetiletí po vzniku Československé republiky roku 1918 bylo ve městě realizováno minimum staveb, které by svou kvalitou výrazně přerostly místní stavební produkci. Z výstavby vynikla trojice vil, jejichž stavebníky či pozdějšími vlastníky byli příslušníci místní židovské elity. Již 1920 byla vybudována Kendeho vila v Otakarově ulici č. 9, z roku 1927 pochází Rechtsova vila na Senovážném náměstí č. 15 a v období 1927—1928 byla postavena neoklasicistní vila Viléma Kendeho (1883—1944) a Valérie Kendeové (1888—1944) v Prokišově ulici č. 7.
V meziválečném období se výstavba vil soustředila zejména do tří hlavních lokalit ve městě. Do severní a jižní části Havlíčkovy kolonie, na severozápadní okraj Pražského předměstí s Jiráskovým nábřežím a na Linecké předměstí do prostoru vymezeného na jihu areálem nemocnice a na východě ulicí Boženy Němcové. Právě zde vyrostla jedna z mála místních ukázek purismu ve vilové architektuře, vila v Pabláskově ulici č. 8, postavená podle vlastního návrhu F. Petráše v roce 1928. Masivně působící objekt završuje střešní terasa v úrovni 2. patra. Členění fasád se omezilo na subtilní podokenní římsy a ojedinělé vertikální členění arkýře a schodiště. S celkovým pojetím stavby korespondovalo železobetonové zábradlí střešní terasy a výplně oplocení. Vila byla demolována asi 2020. Obdobný architektonický výraz získala sousední dvojvila č. 10 a č. 12 od stejného autora. V téže lokalitě se objevily i první objekty v duchu funkcionalismu, zejm. vila JUDr. Josefa Weisskopfa v Pabláskově ulici č. 5 z roku 1928 a v blízkém sousedství vlastní vila Karla Chocholy v ulici S. K. Neumanna č. 4 z roku 1929. Variací Chocholovy vily jak stupňovitou kompozicí, tak spojením projekční kanceláře a vlastní obytné části, se stala vila Ing. Josefa Svobody v Dukelské ulici č. 66 v Havlíčkově kolonii, postavená v roce 1931 firmou Bratři Petrášové, rovněž podle projektu K. Chocholy.
Svým rozsahem, širokou paletou vlivů soudobé architektury i velikostí okolní zahrady vyniká mezi tehdejšími stavbami Zátkova vila na Husově třídě č. 11 z roku 1932. V roce 1933 se v místním prostředí vytříbeným projektem vily či spíše rodinného domu Aloise Zimmermanna v Dukelské ulici č. 76 uvedli architekti Richard Ferdinand Podzemný (1907—1987) a Kamil Ossendorf (1908—1994), stavbu realizovala firma Františka Staška. Součástí původního projektu byl také návrh úpravy zahrady. Prostou kubickou stavbu oživilo na severní straně půlválcové schodišťové těleso a na straně západní předsazená hmota završená střešní terasou v úrovni prvního patra. Původní charakter vily byl poškozen novějšími úpravami. Tato stavba otevřela architektům Podzemnému a Ossendorfovi cestu k projektu vily JUDr. Františka Švece z roku 1934 v Dukelské ulici č. 80, která se řadí mezi významné stavby tohoto typu v rámci celé československé meziválečné architektury.
Různé polohy funkcionalismu reprezentují stylově vytříbené vily či rodinné domy, které projektovali ve městě působící architekti. J. Kotlář je autorem projektů vil na Jiráskově nábřeží č. 16, č. 17, č. 18 z let 1932—1933, které se vyznačují jednotným výrazem, kompaktní hmotou, osobitou kompozicí okenních otvorů a původně masivními železobetonovými pergolami v úrovni posledních podlaží, později zazděnými. Slohový posun v Kotlářově tvorbě směrem k odlehčení stavby i díky výraznému zvětšení okenních otvorů dokládá Hulcova vila v Hálkově ulici č. 16 z roku 1936. Osobitý rukopis spojuje soubor vil realizovaných podle projektů J. Saláka ve městě a v okolí, které charakterizuje nízká valbová střecha a uplatnění široké palety prvků, jakými jsou francouzská okna, balkony, arkýře a různé tvary jednotlivých oken. Vila B. Zimmermannové v Dukelské ulici č. 70 z roku 1935 s decentními balkónky v patře zanikla při náletu v roce 1945. Vila V. Svobody v ulici Boženy Němcové č. 42 z roku 1935 obsáhla asi nejširší architektonický aparát. Řešení interiéru odkazuje na Loosův Raumplan, zejména prostřednictvím výškového členění hlavního obytného prostoru do dvou podlahových úrovní. Vila byla v roce 2002 necitlivě upravena. Posledním reprezentantem z tohoto souboru je vila v Hornické ulici č. 16 na Dobré Vodě asi z roku 1937, rovněž s pozdějšími úpravami, postavená pro advokáta JUDr. Ladislava Klicmana (1903—1942), který jako sokolský odbojář zahynul v Osvětimi.
Reakcí na věcnost a strohost funkcionalismu bylo romantické pojetí architektury Příbrského vily v ulici Boženy Němcové č. 52 z roku 1938. Ojedinělým příkladem nacistické architektury Třetí říše ve vilové architektuře zůstala Herringova vila v Preslově ulici č. 2 z roku 1940.
Po druhé světové válce byla řada vil zkonfiskována jako německý majetek, případně byly znárodněny vily rodin, jež se staly oběťmi holokaustu. Další znárodňování některých vil přišlo po roce 1948. Tyto objekty byly nově využívány a dispozičně upravovány pro jesle, mateřské školy, zdravotnická zařízení, dočasná sídla dalších organizací, případně na jednotlivé byty.
Vila jako stavební typ zcela mizí až do první poloviny 60. let, kdy se ve městě objevuje větší typový rodinný dům s technickým podlažím s garáží a dvěma obytnými patry. Podle tohoto typového projektu byly realizovány například rodinné domy v Budivojově č. 11, Dukelské č. 26, Karla Buriana č. 2, Pabláskova č. 1, S. K. Neumanna č. 20, 24, 25, U Vltavy č. 1, 3 a jinde. Změna nastala až koncem 60. let, kdy se začaly stavět rodinné domy, z nichž některé již měly charakter drobných vil, např. svépomocí postavené rodinné domy architektů B. Čepka v ulici S. K. Neumanna č. 26 z 1968 nebo L. Erbana na Dobré Vodě, Na Stráni č. 12 z roku 1975; vilový vzhled získal dvoubytový rodinný dům na Jiráskově nábřeží č. 13 od J. Škardy z 1975 nebo rodinný dům v Javorové ulici č. 4 od Jana Malého z let 1972—1975.
Až počátkem 90. let 20. století je možné opět mluvit o vilách, z nichž je však většina poplatná rustikalizujícím nebo romantickým katalogovým vzorům. Jejich symbolem se stala vila z roku 2000 v třídě 5. května č.p. 500 na Včelné. Radikální odklon od tohoto proudu mezi prvními reprezentovala vila manželů Masákových, Plav čp. 130. Byla postavena roku 2000 podle projektu ateliéru 4DS: Lubor Gavalec (* 1970), Milan Hakl (* 1965), Luboš Zemen (* 1971). Celkovou kompozici vily vsazené do zalesněné části s rybníčkem tvoří patrová stavba obložená naplocho lomovým kamenem, na kterou navazuje přízemní, dřevem obložené křídlo, v koncové části otevřené, takže probíhající plochou střechou prorůstají borovice. Z let 2003—2005 pochází vila Vlastislava Břízy (* 1978) v ulici E. Pittera č. 15 navržená Martinem Matiskou (* 1971) a Petrem Uhlíkem (* 1972). Jestliže vnější architektura působí dojmem kompaktní kostky, interiér tvořený stěnami ze skla a obarveného betonu oplývá bohatostí průhledů a odhmotněností. Oba architekti jsou také autory přestavby nedaleké vily v ulici U Vltavy č. 2 z let 2005—2007.
Další vila na Včelné v ulici 5. května čp. 562, vznikla 2004 podle návrhu Pavla Hona (* 1964) a Marcely Ehrlichové (* 1973), interiér řešili L. Zemen a Radek Janošík (* 1974). Patrový blok má dvě přízemní křídla se světle šedým nátěrem omítky, dřevěným obkladem a rozměrným prosklením, pod plochými střechami zakončenými slunečními kolektory. Stavba vyniká množstvím technicistně odladěných detailů a kultivovaností prostředí. Ojedinělým příkladem postmoderní architektury v oblasti rodinného bydlení se stal rodinný dům v ulici Na Děkanských polích č. 6 postavený v letech 2003—2005 dle projektu architekta Vlada Miluniće (1941—2022). V rodinném domě v ulici Na Blatech č. 6 z roku 2005 architekt Tomáš Rusín (* 1962) z Ateliéru RAW rozvinul tradici brněnského meziválečného funkcionalismu. V roce 2008 byl podle projektu Ivana Kroupy (* 1960) a Tomáše Boumy (* 1977) realizován rodinný dům Jaroslava Karmáška v Tyršově ulici č.p. 547 na Včelné, s excentrickou kompozicí pravoúhlých hmot z pohledového betonu.
Z odkazu funkcionalismu, obohaceného o větší barevnost a prvky dřevěných obkladů v exteriéru, vycházel rodinný Dům se schodištěm v Kaplířově ulici č. 13 z roku 2017 podle návrhu Jana Paly (* 1984) a Adély Palové (* 1985) z +arch – architektonický ateliér, ve spolupráci s B. Čepkem. Architekturu minimalismu nově představil rodinný dům v ulici Ke Střelnici č. 25, realizovaný 2015 podle návrhu Jána Stempla (* 1959) a Jana Jakuba Tesaře (* 1981) z ateliéru Stempel & Tesař architekti, ve spolupráci s Alešem Heroldem.
Mimořádnou formální vytříbeností vynikl rodinný dům Acer Campestre v ulici U Bašty č. 9, realizovaný 2015—2017 podle projektu Kateřiny Mertenové (* 1978), Martina Augustina (*1972) a Petra Parýzka (* 1987) z ateliéru Sunflyer. Tato dřevostavba byla oceněna v soutěži Pasivní dům roku 2017.