Zvláštní říše organismů (Fungi); jedlé druhy jsou častým předmětem sběru.
Databáze Mykologického klubu Jihočeského muzea v současnosti obsahuje 855 druhů hub (makromycetů) zjištěných na území Českých Budějovic: 54 druhů holubinek, 43 druhů hřibovitých hub, 29 druhů pavučinců, 35 ryzců, 19 žampionů pečárek atd.
V zastavěné části města, na menších zatravněných plochách, v zahradách a dvorech se nejhojněji vyskytují: čirůvka májovka, závojenka podtrnka, smrž pražský a hnojník obecný. K raritám patří např. psivka Ravenelova, původem ze Severní Ameriky. V Evropě se poprvé objevila 1942 v Berlíně; v Českých Budějovicích 1984 na zahradní skalce v Husově kolonii. V městských parcích, na hřbitovech, ve stromořadích v ulicích přibývají k předchozím houbám některé z hřibů, např. hřib koloděj a hřib červený. Kmeny listnatých stromů zdobí, ale i ničí statné choroše, zejm. choroš šupinatý a nápadnější chorošovník sírový nebo několik druhů lesklokorek. Tzv. čarodějné kruhy plodnic často vytvářejí špička obecná, pozdě na podzim čirůvka fialová a čirůvka dvoubarvá. V zimě obrůstají pařezy hlíva ústřičná a penízovka sametonohá.
V přírodní rezervaci Vrbenské rybníky a jejím okolí roste hřib dubový, různé druhy křemenáčů, ale také prudce jedovatá muchomůrka tygrovaná a smrtelně jedovatá muchomůrka zelená. Pod starými duby se vyskytuje zákonem chráněný hřib královský.
K 1. 1. 1974 bylo z podnětu Z. Kluzáka v Jihočeském muzeu zřízeno samostatné regionální mykologické pracoviště (první v rámci regionálních muzeí v Československu). Zabývá se dokumentací výskytu a rozšíření hub (makromycetů) v jižních Čechách. Úzce přitom spolupracuje s Mykologickým klubem Jihočeského muzea. Pořádá každoroční podzimní výstavy hub. Od dubna do listopadu provozuje poradnu pro houbaře. Od roku 1993 se rozvíjí mykologické pracoviště založené v rámci katedry botaniky Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Jeho vědecký výzkum je zaměřen zejména na ekologii, diverzitu a taxonomii hub a lišejníků. Katedra biologie ekosystémů téže fakulty se zaměřuje na studium komplexních procesů v krajině a fungování celých ekosystémů, jejichž jsou houby nedílnou složkou. Houby jsou součástí výzkumných projektů několika pracovišť v Biologickém centru Akademie věd České republiky: v Ústavu půdní biologie a biogeochemie vědci studují společenstva půdních mikroskopických hub a mykorhizní symbiózu. Pracoviště parazitologie a mykologie Nemocnice České Budějovice se zabývá mj. laboratorní diagnostikou onemocnění člověka vyvolaných mikroskopickými houbami.
AUTOŘI:
Zdeněk Kluzák
Mgr. Miroslav Beran
ČERMÁKOVÁ, M. Výskyt hub na území města České Budějovice. České Budějovice, 1977. Strojopis. Uloženo v: Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích.
PAPOUŠKOVÁ, Jindra. Houby města České Budějovice. České Budějovice, 1988. Strojopis. Uloženo v: Jihočeské muzeum v Českých Budějovicích.