bezobratlí

Mezi významné druhy měkkýšů žijících na říčním dně řek Malše a Vltavy patří velevrub nadmutý (Unio tumidus). Rak říční (Astacus astacus) je velmi ohrožený korýš, který se dle doložených nálezů vyskytoval ještě kolem roku 2020 např. v Rudolfovském potoce. Je značně ohrožený především invazí nepůvodních asijských a amerických raků, kteří přenáší houbové onemocnění račí mor a doslova vyhubí všechny raky říční v celém toku. Ohrožují ale i ryby, zvláště jejich potěr a jikry, a také kriticky ohrožené druhy jako perlorodky. Vysazovat nepůvodní raky do našich vod je zákonem zakázané. Po 2020 bohužel převažuje v budějovických vodách americký rak signální.

K velmi nápadným druhům pavouků patří invazní nepůvodní, křižák pruhovaný (Argiope bruennichi), původem z Iberského poloostrova. V některých letech se stává nejběžnějším druhem pavouků na našich loukách. Na lesních okrajích, na vlhkých loukách, ale i v městských parcích a zahradách se hojně vyskytuje i nejznámější a nechvalně známý druh roztoče, klíště obecné (Ixodes ricinus), které přenáší nebezpečné nemoci jako je encefalitida a lymská borelióza. Výzkumem klíšťat a boreliózy se zabývají vědci z Parazitologického ústavu Biologického centra Akademie věd v Českých Budějovicích, kteří pracují na vývoji vakcíny.

Příroda v okolí Budějovic čítá nepřeberné množství hmyzu. V Nálezové databázi ochrany přírody je evidováno v katastrech Českých Budějovic 560 druhů motýlů, včetně historických nálezů, z toho 63 denních motýlů. Od roku 2010 se zde významně šíří třeboňský druh bělopásek tavolníkový (Neptis rivularis), více se objevuje ohniváček černočerný (Lycaena dispar) a také se šíří vzácný hnědásek kostkovaný (Melitaea cinxia). Teprve kolem roku 2015 se zde začal vyskytovat nenápadný bělásek jižní (Pieris mannii), který obletěl Alpy západní cestou a zdárně se rozšiřuje k severu. Žijí zde např. nápadní batolci rodu Apatura nebo ohrožený modrásek bahenní (Phengaris naustihous), vyvíjející se v rostlině krvavec toten a následně v zemních mraveništích.
Po 2010 se z Hlubockých hrází do Českých Budějovic rozšířil roháč obecný (Lucanus cervus) a tesařík obrovský (Cerambyx cerdo). Typickým nelesním budějovickým střevlíkem je v jiných regionech vzácný, střevlík Scheidlerův (Carabus scheidleri). Hojným nápadným městským druhem je chroustek letní (Amphimallon solstitiale), který se rojí za soumraku v červnových dnech.
Na řece Malši a Vltavě se vyskytuje pozoruhodná vážka klínatka vidlitá (Onychogomphus forcipatus), létají zde také oba druhy motýlic rodu Calopteryx, velmi hojné je šidélko brvonohé (Platycnemis penippes).
Po 2020 se i v Českých Budějovicích začala samovolně objevovat ikonická kudlanka nábožná (Mantis religiosa), která byla do 2000 známá pouze z jižní Moravy. Její expanze zjevně souvisí s klimatickým oteplováním. Zároveň se po přelomu tisíciletí na Českobudějovicku objevuje teplomilná, obrovská včela drvodělka filaová (Xylocopa violacea).